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金融机构借款合同纠纷案件需要提交的证据材料有： 1、自然人应当提交记载其姓名、性别、年龄等材料； 2、法人或者其他组织应当提交法人或者其他组织的营业执照； 3、借款合同； 4、保证合同或者保函； 5、发放借款的证据； 6、其他证明案件事实的证据根据《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十七条，原告仅依据金融机构的转账凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩转账系偿还双方之前借款或其他债务，被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的成立承担举证证明责任。